在啤酒設備釀造過程中，免不了異類微生物的侵害，這些微生物的生長、繁殖，利用麥汁（非常好的培養基）或啤酒中的營養成分，導致后續生產困難或出現異常，使成品啤酒出現沉淀、混濁、甚至其代謝產物導致啤酒風味、口味異變。

糖化階段：易染菌種類：適熱乳酸桿菌 

說明：糖化初，醪液溫度≤50℃時易染,但對降低醪液pH有利；50°C以上，乳酸桿菌不易生長。

麥汁冷卻至接種前：易染菌種類：大腸菌群、野生酵母、乳酸桿菌、微球菌、枯草桿菌、霉菌、放線菌、變性黃桿菌等

說明： ①40°C仍可生長，應防止不潔的水混入麥汁中，7h內可繁殖幾百萬倍;

 ②常潛伏在縫隙、螺紋、墊料上，麥汁流經帶入，也有重復使用的種酵母中帶入的。

 ③種酵母污染，能與酵母競爭繁殖，發酵完畢前停止生長。

 ④醋酸桿菌、乳酸桿菌在麥汁中污染，生長較慢。

薄板系統死角或衛生不良、殺菌不徹底；無菌風系統感染

發酵階段：易染菌種類：乳桿菌、醋酸桿菌、野生酵母、足球菌、變性黃桿菌。

說明：常見系統衛生刷洗、殺菌不徹底；酵母接種過程等；

種酵母污染，在發酵時大量生長繁殖，開口發酵有利醋酸菌生長，密閉發酵有利乳酸菌生長。

貯酒階段：易染菌種類：醋酸桿菌、乳酸桿菌、發酵單胞菌、大腸菌群

說明：發酵罐清洗殺菌不徹底；下酒時貯酒罐、清酒罐及濾酒系統殺菌不徹底；

    ①下酒或酒液上部存在空氣時繁殖快

    ②在厭氧下生長

    ③厭氧下發展很快，較少發現

包裝階段：易染菌種類：醋酸桿菌、乳桿菌、足球菌、發酵單孢菌、大腸菌群、霉菌

說明：供包裝輸酒系統、灌裝機酒缸、空瓶、空桶等，在包裝過程重污染。 

并不是所有進入啤酒釀造過程的微生物都是啤酒的有害菌，按其對啤酒的危害情況，可將這些微生物分為兩大類:無害共生菌/有害菌

無害共生菌是指霉菌孢子和許多好氧性細菌，它們不能在啤酒中生長，甚至啤酒的特殊環境會使它們窒息；但是若有這些微生物存在，則也說明可能同時會存在有害微生物。

所謂無害于啤酒(相對)的微生物——是指不能在啤酒釀造中繁殖，如一些好樣的孢子桿菌不引起啤酒變味混濁的小球菌和微球菌

有害菌是指人類致病菌（如大腸菌群），或在特定條件下生長、繁殖的而引起啤酒生產過程不正常，或使啤酒酸敗、變味、粘稠、沉淀、混濁的這類微生物；   

屬于有害菌的種屬有：野生酵母、乳酸桿菌屬、鏈球菌屬、果膠桿菌、巨型球菌屬、腸道細菌屬等…